Avec les mêmes dimensions extérieures que la MasterBox Q300L, le support pour une carte mère ATX standard a été intégré. Cela a été rendu possible en maximisant l'utilisation de l'espace interne. Bien que l'alimentation soit montée par défaut en haut/à l'avant du boîtier, le support de montage flexible permet de repositionner l'alimentation en fonction du facteur de forme. Par exemple, si une carte mère Mini-ITX est installée au lieu d'une carte mère ATX, l'alimentation peut être placée dans la position habituelle (arrière en bas). Cela améliore les options de ventilation et de configuration à l'avant. Tout au long de la série Q, le panneau E/S mobile est également inclus dans la MasterBox Q500L.