L'action se déroule en 1191 après J.-C. La Troisième Croisade déchire la Terre Sainte. Vous, Altaïr, avez l'intention de mettre fin aux hostilités en réprimant les deux camps du conflit. Vous êtes un assassin, un guerrier enveloppé de mystère et craint pour votre impitoyabilité. Vos actions peuvent plonger votre environnement immédiat dans le chaos, et votre existence façonnera les événements durant ce moment crucial de l'histoire.