Dans The Witch and the Hundred Knight 2, de jeunes filles de la région de Kevala tombent soudainement malades d'une mystérieuse maladie qui les transforme en sorcières répugnantes. À la recherche de l'origine du mal, le Hundred Knight reçoit un soutien actif des deux sœurs Amalie et Chelka. Amalie est une agente d'une organisation qui lutte contre les sorcières, tandis que Chelka est la sorcière qui s'est éveillée dans la jeune sœur d'Amalie, Milm.

Adaptation à chaque situation - Le joueur peut alterner entre les 6 facettes du Hundred Knight pour prendre l'avantage dans le combat. Les Tochkas, les serviteurs indispensables, peuvent aider lors de l'exploration.

Petit paquet de puissance - Grâce à Ope Time, il est possible d'infliger des dégâts aux ennemis et de reconstituer les Giga-calories. Le troisième œil peut être utilisé pendant une courte période pour libérer toute la puissance du Hundred Knight, offrant plus de vitesse et de force ainsi que des capacités améliorées.

Renforcement de la force - À la base, des armes peuvent être forgées avec les objets trouvés. En accomplissant des missions de sorcières, des Tochkas et d'autres avantages peuvent être obtenus.