Lors d'un voyage en mer, Link se retrouve pris dans une tempête, fait naufrage et échoue sur la plage de l'île Cocolint. Pour rentrer chez lui, il doit maîtriser des donjons difficiles et vaincre des monstres terrifiants. La nouvelle version de ce classique du jeu vidéo reprend de nombreux éléments qui ont déjà rendu le titre Game Boy unique, comme les salles au style d'un jeu de plateforme 2D ou encore les apparitions de personnages qui n'appartiennent pas à la série The Legend of Zelda.