Le jeu rompt avec certaines conventions de la série. Par exemple, de nombreux ennemis plus faibles n'apparaissent plus individuellement, mais en plus grands groupes. Link peut se déplacer plus librement que jamais : pour avoir une meilleure vue de son environnement, il peut escalader des tours et d'énormes constructions, et en tant qu'alpiniste, il peut gravir n'importe quelle montagne. Avec son parachute, il redescend ensuite en douceur, et s'il trouve cela trop lent, il utilise simplement son bouclier comme support pour une glissade rapide. Même les conditions météorologiques changent constamment dans ce monde dynamique, et si Link veut survivre, les joueurs doivent en tenir compte. Une averse soudaine peut éteindre n'importe quel feu de camp, et pendant un orage, les armes métalliques peuvent attirer la foudre. De plus, Link doit toujours faire attention à porter les vêtements appropriés, car son voyage le mène à travers des zones très variées avec différents climats.

Dans ce vaste monde, il y a plus de 100 Sanctuaires d'Épreuves remplis de pièges et d'énigmes à découvrir. L'ordre dans lequel les joueurs explorent ces sanctuaires leur appartient entièrement. Lorsque Link se fraye un chemin à travers un sanctuaire, il reçoit des objets spéciaux et des récompenses qui lui seront utiles dans sa quête. Les énigmes peuvent souvent être résolues de plusieurs manières. De plus, il y a de nombreux secrets à découvrir. Explorer et rechercher constitue le plaisir essentiel du nouveau voyage de Link.