Persona 5 est un jeu qui traite des conflits internes et externes d'un groupe d'élèves de lycée en difficulté - le protagoniste et une collection de compagnons qu'il rencontre au cours de l'histoire du jeu - qui mènent une double vie en tant que Voleurs Fantômes. Ils ont la vie quotidienne typiquement ordinaire d'un lycéen de Tokyo, assistant aux cours, participant à des activités après l'école et ayant des emplois à temps partiel. Mais ils entreprennent également des aventures fantastiques en utilisant des pouvoirs d'un autre monde pour pénétrer dans le cœur des gens. Leur pouvoir provient de la Persona, le concept jungien du "soi".

Les héros du jeu réalisent que la société oblige les gens à porter des masques pour protéger leurs vulnérabilités intérieures, et en arrachent littéralement leurs masques protecteurs et confrontent leur moi intérieur, les héros éveillent leur pouvoir intérieur et l'utilisent pour s'efforcer d'aider ceux qui en ont besoin. En fin de compte, le groupe de Voleurs Fantômes cherche à changer leur monde quotidien pour qu'il corresponde à leur perception et à voir à travers les masques que la société moderne porte.