Persona 5 est un jeu qui aborde les conflits internes et externes d'un groupe d'élèves de lycée en difficulté - le protagoniste et une collection de camarades qu'il rencontre au cours de l'histoire du jeu - qui mènent une double vie en tant que Voleurs Fantômes. Ils ont la vie quotidienne typiquement ordinaire d'un lycéen de Tokyo, assistant aux cours, participant à des activités après l'école et ayant des emplois à temps partiel. Cependant, ils entreprennent également des aventures fantastiques en utilisant des pouvoirs d'un autre monde pour pénétrer dans le cœur des gens. Leur pouvoir provient de la Persona, le concept jungien du "soi".

Les héros du jeu réalisent que la société oblige les gens à porter des masques pour protéger leurs vulnérabilités intérieures. En arrachent littéralement leurs masques protecteurs et en confrontant leur moi intérieur, les héros éveillent leur pouvoir intérieur et l'utilisent pour s'efforcer d'aider ceux qui en ont besoin. En fin de compte, le groupe des Voleurs Fantômes cherche à changer leur monde quotidien pour qu'il corresponde à leur perception et à voir à travers les masques que la société moderne porte.