L'histoire de Code: Realize ~Future Blessings~ commence avec le personnage principal, Cardia, isolée et seule dans un manoir à la périphérie d'une version steampunk du Londres du 19ème siècle. Victime d'une affection mystérieuse qui rend son sang un poison virulent et son toucher instantanément mortel, Cardia est rejetée comme un monstre. À travers une série d'événements à la fois grandioses et apparemment insignifiants, Cardia est poursuivie par la Garde Royale, enlevée par le gentleman voleur Arsène Lupin, et rejointe par une myriade d'autres figures séduisantes issues des meilleurs classiques de la littérature occidentale. Avec ses nouveaux amis et prétendants, Cardia s'aventure dans le monde pour percer les mystères entourant sa propre existence.