Pendant de nombreuses années, la galaxie a été un endroit paisible. Après la guerre impitoyable entre les Terrans et l'Hégémonie, toutes les grandes espèces spatiales ont déployé de grands efforts pour empêcher que de tels événements ne se reproduisent. Pourtant, les tensions entre les sept grandes espèces et au sein du Conseil Galactique ne cessent de croître. Une confrontation semble inévitable.

Dans Eclipse, les joueurs incarnent les dirigeants de vastes civilisations interstellaires et luttent contre leurs rivaux en huit tours pour la domination de la galaxie. À chaque tour, les joueurs étendent leur civilisation en explorant et en colonisant de nouveaux secteurs spatiaux, en recherchant des technologies et en développant leur flotte spatiale. À l'issue du huitième tour, celui qui a accumulé le plus de points grâce à des combats remportés, des alliances diplomatiques, le contrôle de secteurs et de monolithes, des découvertes et des réalisations technologiques remporte la partie.