La mère d'Artemis Fowl souffre d'une maladie mortelle du monde souterrain. Seul un médicament fabriqué à partir d'une espèce particulière de lémurien peut la sauver. Malheureusement, Artemis a lui-même fait tuer le dernier spécimen de cette espèce. Il ne lui reste donc d'autre choix que de voyager dans le passé pour retrouver le dernier descendant de cette espèce. Cependant, il rencontre d'abord son moi de 10 ans, qui ne veut pas céder facilement à la précieuse créature. C'est donc un affrontement entre Artemis et Artemis. Une autre puissance souterraine, Opal Koboi, a également des vues sur le lémurien, car cet animal peut faire d'elle la souveraine de la Terre et des humains. Une course-poursuite sauvage commence, que l'Artemis plus âgé remporte. Il parvient à sauter dans le tunnel temporel, le lémurien dans les bras - et son moi plus jeune. Ensemble, ils vont vaincre Opal.