Pour la filtration par adsorption, c'est-à-dire pour l'élimination des polluants chimiques tels que le chlore et les résidus de médicaments, il existe des feutres et des matelas en charbon actif spécialement conçus comme insert dans le filtre. La filtration par adsorption est généralement nécessaire uniquement pendant la phase de démarrage de l'aquarium ou après l'utilisation de médicaments. Les matériaux filtrants ne doivent en tout cas être utilisés que pendant une période limitée d'environ 4 semaines, puis être retirés ou remplacés.