Pour la filtration par adsorption, c'est-à-dire pour l'élimination des polluants chimiques tels que le chlore et les résidus de médicaments, il existe des cartouches de charbon spécialement traitées. La filtration par adsorption n'est généralement nécessaire que pendant la phase de démarrage de l'aquarium ou après l'utilisation de médicaments. Les cartouches de filtre ne doivent en tout cas être utilisées que pendant une période limitée d'environ 4 semaines, puis retirées ou remplacées.