En collaboration avec le comte de Rummelsdorf, Spirou et Fantasio participent à un concours pour la construction d'un équipement sous-marin. Très vite, ils doivent cependant se rendre compte que tout cela n'est pas très honnête. Au fond de la mer, Spirou finit par découvrir dans une épave le repaire du gangster John Helena, surnommé "l'anguille". Comme tous les volumes de la nouvelle édition "Spirou et Fantasio", "Le repaire de l'anguille" est également publié avec une présentation améliorée : une nouvelle coloration sensible, une meilleure qualité de papier et d'impression, ainsi que des pages éditoriales supplémentaires avec des informations de fond sur l'album et des illustrations rares.